公司经营房屋租赁合同签了五年,现在才第二年就遇到...

这个首先需要看你们签订的租赁协议中有没有约定，遇到拆迁如何分配拆迁补偿款，如果约定承租人一分没有，那就不好争取了。
如果说没有约定，按照法律规定，房屋拆迁补偿的项目主要有房屋价值的补偿、装修装饰的补偿、搬迁费用和停产停业损失。占大头的是房屋价值的补偿，这个是房主来领取的。其中装修装饰的补偿和停产停业损失应当给到实际装修人和经营者。这需要及时与房主和拆迁部门沟通，而且需要提供材料证明装修的费用和停产停业损失有多少。