自然地理环境系统中最活跃的圈层是

生物圈。

生物圈是指地球上所有生物体所构成的生态系统，包括陆地、海洋和大气层中的各种生物体。生物圈是自然地理环境系统中最活跃的圈层，因为生物圈中的生物体在进行生存和繁殖的过程中，会不断地与其他圈层进行物质和能量交换，从而影响整个自然地理环境系统的运行。

生物圈中的生物体包括植物、动物、微生物等，它们通过光合作用、呼吸作用、分解作用等过程，将太阳能转化为化学能，并将其储存在有机物中。这些有机物又成为其他生物体的食物，从而形成了食物链和食物网，同时也将能量和物质不断地传递和循环。

生物圈中的生物体还会通过呼吸作用和分解作用释放出二氧化碳、水蒸气、氧气等气体，影响大气圈的气候和气象。同时，生物圈中的生物体还会通过代谢作用和排泄作用，将有机物和无机物排放到土壤和水体中，影响着地球的水循环和地质圈的物质循环。

因此，生物圈是自然地理环境系统中最活跃的圈层，它与其他圈层之间的相互作用和影响，决定着地球上生命的存在和发展。